در روز های آخر حکومت امین، روسها به این نتیجه رسیدند که با نگه داشتن امین در اریکه قدرت، خیزش مردم و مقاومت مهار نخواهد شد و از جانب دیگر، ارتباط امین با آمریکا و پاکستان، باعث این بیم و هراس در ماسکو شد که شاید این اطلاعات درست باشد و افغانستان به پایگاه جدید نظامی آمریکا تبدیل شود. بر همین اساس حکومت شوروی تصمیم گرفت که به افغانستان نیرو بفرستد و ببرک کارمل را جایگزین حفیظ الله امین نماید.
در ۶ جدی سال ۱۳۵۸ بود که هواپیماهای نظامی شوروی یکی پس از دیگری در میدان های هوایی نظامی افغانستان به زمین نشست. در همین روز حفیظ الله امین همه اعضای دفتر سیاسی را برای جلسه به اقامتگاهش در “تپه تاج بیگ” دعوت کرد و همه اعضای جلسه آنروز مهمان امین بودند و اولین غذایی که برای مهمانان آوردند سوپ بود، که به وسیله آشپز امین، که یک نفر روسی بود، مسموم شده بود.
حفیظ الله امین ابتدا گیج و منگ شده بود و سپس در یک عملیات نظامی ۴۵ دقیقه ای که به سرکردگی ستوان “سیمیونف” به کاخ محل استقرار وی یورش برده با رگبار مسلسل در پیش چشم اعضای خانوداه خود کشته شد.
همسر حفیظ الله امین جزئیات کشته شدن همسرش را چنین شرح داده است: “تا وقتی که مهمات داشتیم، هیچ کس نتوانست وارد کاخ شود. عده زیادی از مهاجمین کشته شدند. ما نمی دانستیم که روسها هستند. وقتی مهمات ما تمام شد، آنها داخل کاخ شدند. به محض داخل شدن با ماشیندار یا مسلسل به چهار طرف شلیک کردند. در اثر این شلیکها به دخترانم ملالی و گلالی و پسرم خوازک گلوله اصابت کرد.”
“در حالی که آنها عکس امین را به دست داشتند، به سوی دخترم “غوتی” رفتند. غوتی به آنها گفت چرا شلیک می کنید، امین صاحب این جاست. گفتند که امین کجاست؟ در این حال متوجه شدند که امین آنجا نشسته است، بر او شلیک کردند. بعد از آن پسران و دخترانم زخمی شدند وقتی دیدند کسی دیگر باقی نمانده، خاموش شدند.”
شب هنگام جسد امین را در قالی پیچانده و در گورستان نزدیک کاخ به خاک سپردند. بر سر گور او هیچ لوح یا نشانه ای نگذاشتند و باقی خانواده امین را که زنده مانده بودند، به زندان پلچرخی بردند.
از قبل اعلام شده بود که در شب ۶ جدی “قوماندان اعلای انقلاب ثور و رئیس شورای انقلابی حفیظ الله امین” سخنرانی خواهد کرد، ولی ناگهان برنامه های عادی رادیو کابل قطع شد و صدای ببرک کارمل با طنین غرور آمیزی پخش شد که خبر “سقوط مرگبار و واژگون شدن رژیم فاشیستی امین، این جاسوس سفاک امپریالیسم و دیکتاتور جبار و عوام فریب” را به مردم افغانستان تبریک گفت.